Die Franziskaner Kirche ist mit der Kathedrale und der Kapelle in Maladière eine der drei Kirchen, die vor der Reformationszeit gebaut wurden.

Mitte des 13. Jahrhunderts siedelt sich der Franziskaner Orden in Lausanne an, auf einem Grundstück, am Rande der Stadtmauer, das ihm im Süden der Stadt zur Verfügung gestellt wurde. Die Ordensbrüder bauten dort eine Kirche und ein Kloster.

Zur Reformationszeit, um 1536 wird ihr Vermögen beschlagnahmt. Mit Ausnahme der Franziskaner Kirche zerfallen die Gebäude und Ende des 19. Jahrhunderts werden die letzten Überreste zerstört.
Im 20. Jahrhundert wurde sie sehr geschmackvoll renoviert. Man findet in ihr noch sehr wertvolle Fresken, die Zeugen aus der Zeit vor der Reformation sind.
Bemerkenswert ist die Orgel, deren Gehäuse auf das Ende des 18. Jahrhunderts zurück geht.
Wunderschön sind die Fenster von C. Heaton, A. Cingria und E. Bieler aus dem 20. Jahrhundert.